Il sito comprende una vasta area del territorio comunale di Assisi in cui sono situati i più importanti luoghi francescani. Racchiude il centro storico così come individuato dalla cerchia delle mura urbiche con la Basilica di San Francesco, e si estende in alto, verso il Subasio, dove si trova l’Eremo delle Carceri, e in basso, verso la pianura, con il Santuario di San Damiano, Rivotorto e la Basilica di Santa Maria degli Angeli.